Den kulturhistoriske forskning ved Fiskeri- og Søfartsmuseet indgår i Center for Maritim- og Erhvervshistorie (CME), et forskningscenter, som drives i et samarbejde mellem Fiskeri- og Søfartsmuseet, Danmarks Industrimuseum og Syddansk Universitet. CME har følgende formål:
At være en ramme for udvikling og gennemførelse af maritim- og erhvervshistoriske forskningsprojekter på de tre institutioner og i forlængelse heraf også at være et nationalt forum for forskning inden for områderne.
Centret har også til opgave
- at være arbejdsplads for stipendiater og gæsteforskere,
- at initiere regionale og internationale samarbejder,
- at fremme undervisning og forskeruddannelse,
- at bygge bro mellem universitets- og museumsforskning og
- at udvikle samarbejde med dansk erhvervsliv og dets organisationer.