Fiskeri- og Søfartsmuseets kulturhistoriske hovedområder er fiskeri, søfart, offshore og kystkultur. Det overordnede tema for museets arbejde er ”Mennesket møde med havet”, hvilket i disse år udarter sig inden for tre hovedområder:

• Energi fra havet. Fokus er på menneskets jagt på og udvinding af energi fra havet gennem tidens løb med afsæt i Vestkysten. Hvad end der er tale om 1600-tallets hvalfangst, 1900-tallets Esbjergfiskeri eller Offshoreeventyret fra 60’erne og frem, så handler det grundlæggende om menneskets forhold til og forvaltning af havets ressourcer.
  
  
• Dansk fiskeri fra kystnært bierhverv til havfiskeri med ståltrawlere. Med fokus på fiskeriets udvikling til et fuldtidserhverv siden omkring år 1900 undersøges den teknologiske og den markedsmæssige udviklings betydning for det danske fiskerierhverv samt fiskerireguleringens betydning for fiskeriets eksistensbetingelser.
  
  
• Genopdagelsen af en søfartsnation. I Danmark er der aldrig langt til kysten, og denne nære forbindelse til havet har altid formet vores samfund. Vi undersøger Danmarks maritime kulturhistoriske rødder for at undersøge, hvordan menneskets møde med havet har formet os.